eDNA assessment in marine environment

Summary: A proposta de Monitoramento de Ambientes marinhos com DNA ambiental (eDNA) constitui uma grande inovação para a avaliação da biodiversidade em diversos ambientes, aquáticos (doce e marinho) , solo e atmosfera. Este novo processo de monitoramento é realizado com a coleta de amostras ambientais, extração e amplificação do DNA, sequenciamento e análise de dados resultantes, utilizando ferramentas de bioinformática. Esta análise, tem por principal objetivo a avaliação da biodiversidade (geral e especificas) verificando as possíveis interferências e modificações em comunidades planctónicas, no caso de ambientes marinhos.
Essa proposta apresenta características tipicamente interdisciplinares, reunindo competências na área da Engenharia Ambiental, Biotecnologia, Bioquímica e Bioinformatica, (esqueci alguma?) em uma área que está sendo denominada ecogenética molecular. Unindo a ecologia tradicional baseada em campo com métodos moleculares (eDNA) e ferramentas computacionais avançadas.
Neste sentido, estamos propondo a implementação de um novo sistema de coleta automatizada de eDNA, por meio de uma sonda coletora e com possibilidade de realizar múltiplas amostragens em diversos perfis. Alem disto, estamos propondo a utilização de sistemas de sequenciamento miniaturizados denominados “Nanopore” para a avaliação de sequencias de eDNA coletado. Esta sequencias poderão ser comparadas com ouros sistemas de sequenciamento tipo NGS, para avaliação dos “readings” ou sequencias obtidas.
Outro objetivo importante a ser implementado pela nossa proposta é o desenvolvimento de sistemas analíticos de bioinformática com softwares específicos. Devido ao fato que a coleta amostral contem eDNA de micro, meso e macro plâncton, justificando-se a necessidade de utilizarmos diferentes sistemas analíticos para estas diferentes frações.
Como objetivo final, esperamos viabilizar esta nova ferramenta de monitoramento ambiental por eDNA e sua possível utilização em diversos setores tais como, mudanças climáticas, espécies invasoras, aguas de lastro, biocorrosão de estruturas metálicas ancoradas, e outros setores de interesse da indústria de petróleo e gás.

Starting date: 2024-08-01
Deadline (months): 48

Participants:

Role	Name
Coordinator *	Sérvio Túlio Alves Cassini